De Universiteit van Amsterdam heeft Jos Baeten benoemd tot hoogleraar Theory of Computing aan de faculteit Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica. Baeten combineert de deeltijdleerstoel met zijn directeurschap van het Centrum Wiskunde & Informatica (CWI). Aan het Institute for Logic, Language and Computation (ILLC) van de UvA gaat hij onderzoek doen naar berekenbaarheid binnen de theoretische informatica, onderwijs geven en studenten en promovendi begeleiden.
De tweede helft van de jaren tachtig werkte Baeten ook al tegelijk aan het CWI en de UvA, als onderzoeker respectievelijk universitair informaticadocent. In 1991 werd hij hoogleraar theoretische informatica bij de faculteit Wiskunde & Informatica aan de TU Eindhoven. Zijn onderzoek daar richtte zich op formele methoden, en dan met name op procesalgebra. In 2010 stapte hij over naar Werktuigbouwkunde, waar hij zich als hoogleraar systeemengineering ging bezighouden met supervisory control synthesis. Een jaar later keerde hij terug op het CWI-nest, maar nu als algemeen directeur. Daarnaast is Baeten onder meer medeoprichter en bestuurslid van het interuniversitaire Institute for Programming Research and Algorithmics (IPA).


