De basisfinanciering voor universiteiten, de eerste geldstroom, is in Nederland tussen 1975 en 2005 ongeveer verdubbeld. De publieke financiering van onderzoek blijft echter wel achter ten opzichte van het nationaal inkomen. In 1990 financierde de overheid bijna de helft van het onderzoek, vijftien jaar later was dit slechts 36 procent. Ook is Nederland op dit vlak geen voorloper in Europa. Het percentage van het BBP dat Nederland aan onderzoek besteedt, is gelijk aan het Europese gemiddelde, maar EU-landen als Frankrijk, Duitsland, Finland en Zweden streven dit voorbij. Dit zijn conclusies uit een rapport van het Rathenau Instituut, een onafhankelijke organisatie die de politiek informeert over vraagstukken op het snijvlak van wetenschap, technologie en samenleving.
Verder concludeert het rapport dat het financieringsstelsel complexer is geworden, onder andere met nieuwe coördinerende organisaties. Er is een toename van het aantal programma‘s en van beleidsdoelstellingen. Die moeten zorgen voor inhoudelijke sturing. Daarnaast wil de overheid ook het functioneren van het wetenschapssysteem beïnvloeden. Dat laatste blijkt bijvoorbeeld uit de grotere rol van persoonsgerichte subsidies om individuele excellentie te bevorderen.
